纯化水和注射用水系统的运行徐考虑到管道分配系统的定期清洁和消毒，通常有两种运行方式。
1、批量式运行方式
将水像产品一样作成批号，“批量式”运行方式主要是出于安全性的考虑，因为这种方法能在化验期内将一定量的水份隔开来，直到化验有了结论为止。格尔木、玉树、河南、郑州、开封、洛阳、平顶山、安阳、鹤壁、新乡、焦作、濮阳、许昌、漯河、三门峡、南阳、商丘、信阳、周口、驻马店
湖北、武汉、黄冈、黄石、十堰、宜昌、襄阳、鄂州、荆门、孝感、荆州、咸宁、随州
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浙江、杭州、湖州、绍兴、宁波、嘉兴、丽水、台州、温州、金华、衢州、舟山
江西、南昌、九江、上饶、抚州、宜春、吉安、赣州、景德镇、萍乡、新余、鹰潭
广东、珠海、汕头、佛山、韶关、湛江、肇庆、江门、茂名、惠州、梅州、汕尾、河源、阳江、清远、东莞、中山、潮州、揭阳、云浮、广州、深圳、增城、从化、南雄、乐昌、英德、连州、台山、开平、鹤山、恩平、廉江、雷州、吴川、高州、化州、信宜、高要、四会、兴宁、陆丰、阳春、普宁、罗定、云南、昆明、曲靖、玉溪、昭通、丽江、普洱、保山、临沧
福建、福州、厦门、泉州、漳州、莆田、宁德、龙岩、三明、南平
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2、连续制水的“直流式”运行方式，可以一边生产一边使用。
二、纯化水、注射用水系统的日常管理
制水系统的日常管理包括运行、维修，它对验证及正常使用关系极大，所以应建立监控、预修计划，以确保水系统的运行始终出于受控状态。这些内容包括：
1、制水系统的操作、维修规程；
2、关键的水质参数和运行参数的监测计划，包括关键仪表的校准；
3、定期消毒／灭菌计划；
4、水处理设备的预防性维修计划；
5、关键水处理设备（包括主要的零部件）、管路分配系统及运行条件便更的管理方法。
