污水首先进入厌氧柜，厌氧柜不曝气，利用兼性厌氧菌和专性厌氧菌将污水中大分子有机物降解为低分子化合物，进行硝化与反硝化反应，脱氮除磷；
随后污水进入接触氧化柜，进行好氧反应，在好氧菌的作用下，对有机物进行消解，去除BOD和COD；
经过好氧处理的污水上清液被提升至电絮凝反应柜，柜内除进行氧化还原反应和进一步降解水中的有机物，还能进行混凝作用，增强污水的沉降性能，去除污水中的磷和胶体；
电絮凝反应柜上清液随后进入船用生活污水处理装置沉淀柜，在沉淀柜内活性污泥将不断地沉淀，并被自动定期“气提” 返送到厌氧柜，改善膜的运行环境；
沉淀柜上层清水随后进入膜柜，经过MBR（膜生物反应器）的过滤分离，再经过紫外线消毒器杀菌消毒后直接从船用生活污水处理装置排放舷外。
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